Fedafruc trabaja para representar y fortalecer a la Agricultura Familiar Campesina e Indígena de Chile, impulsando su desarrollo social y económico mediante políticas diferenciadas, gestión agroempresarial y mayor participación en decisiones nacionales y regionales. Su labor se sustenta en valores como la participación y el trabajo colectivo, el compromiso con una gestión eficiente, la solidaridad entre agricultores, la transparencia en sus procesos, la gestión democrática para promover nuevos liderazgos y el diálogo social para incidir en políticas públicas que apoyen a las comunidades rurales.